1、高新技术企业认定和加计扣除是两回事，你们可以同时申请，但加计扣除通常都是年底或者第二年年初做的。高新是根据各省的评定时候申报的。
2、两个都有减税功能，高新是减税40%，加计扣除是按照研发费用的税前列支，按照150%抵扣。
3、两个都跟研发经费有关系。
4、研究开发费用的加计扣除，是指企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
只有高新技术企业可以享受研发费用加计扣除吗？
不是只有高新技术企业才可以申请研发费用加计扣除。
根据企业所得税法规定，企业开发新技术、新产品、新工艺的研究开发费用支出，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。另根据《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕116号）规定，本办法适用于财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业。
因此，不论是高新技术企业还是非高新技术企业，只要财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业，均可以享受研发费用加计扣除优惠政策。
研发费用加计扣除就是企业在按照规定在据实扣除的基础上，按照研发费用的 50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
对于科技型中小企业而言，研发费用加计扣除比例由 50%提高到 75%。
高新技术企业认定与研发费用加计扣除中都有研发费用，二者虽然同是研发费用，却存在一定的差异。如果不能正确区分开来，就很容易导致无法享受政府福利。
