预付款是工程开工前甲方打给乙方的，等工程开始后，有工程款了开始扣回，但不是一次性扣的，按比例扣的，所以不会影响施工的，也可以跟甲方商量，到哪个程度再扣回。
工程预付款的扣回，扣款的方法有两种：
1、可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清;基本公式：T=P-M/N;式中T―起扣点，工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额;M―工程预付款限额;N―主要材料的占比重;P―工程的价款总额;
2、建设部《招标文件范本》中规定，在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款;发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。
收款预缴增值税时要扣除土地价款吗?
国家税务总局公告2016年第18号：第十一条
应预缴税款按照以下公式计算：应预缴税款=预收款÷(1+适用税率或征收率)×3%适用一般计税方法计税的，按照11%的适用税率计算;适用简易计税方法计税的，按照5%的征收率计算。
所以房地产开发企业预缴增值税时，不扣土地的价款。
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