这个可以按照要求来操作的，有以下几种情况：
1、预付款可以要发票，只需要在发票上注明是预付款就可以了，等剩余的款到了再开剩余的发票。只要你要求是没有问题的。
2、先开收据，并注明是预付款并加有公章，等付完全款后再开据发票。
3、先开全额发票给付款公司请款用，但要有合同说明，在多长时间、什么情况下将余款付清，如有违约怎么办都要写清，如果遇到问题由法院仲裁。
其实这些东西都是活的，只是根据不同的公司的各自规定来办的。所以可以根据公司规定、诚信度等方面的具体情况灵活处理。
预付款是一种支付手段，其目的是解决合同一方周转资金短缺。预付款不具有担保债的履行的作用，也不能证明合同的成立。收受预付款一方违约，只须返还所收款项，而无须双倍返还。此外，法律对预付款的使用有严格规定，当事人不得任意在合同往来中设置预付款项，而对定金则无此限制。
预付款已经开了发票要怎么做账?
预付款已经开了发票要分具体情况做账：
1、支付预付款时：
借：预付账款
贷：银行存款
2、收到对方所开的发票时：
借：材料采购(原材料等)
借：应交税费-应交增值税-进项税
贷：预付账款
3、同时补付尚欠对方的货款：
借：预付账款
贷：银行存款
4、参考资料《企业会计准则-具体准则》及《企业会计准则-应用指南》的相关规定。
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