化肥销售增值税一般纳税人按9%开普通发票。进项按增值税专用发票抵扣。
自2015年9月1日起至2016年6月30日,对增值税一般纳税人销售的库存化肥,允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。
有机肥包括有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥三种肥料，是免增值税的，化肥是不免增值税的。
哪些化肥免征增值税？
享受免税政策的有机肥产品是指有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥。
1、有机肥料。指来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为主要功能的含碳物料。
2、有机-无机复混肥料。指由有机和无机肥料混合和（或）化合制成的含有一定量有机肥料的复混肥料。
3、生物有机肥。指特定功能微生物与主要以动植物残体（如禽畜粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
依据是财政部与国家税务总局于2008年4月29日下发的《关于有机肥产品免征增值税的通知》（财税〔2008〕56号），对纳税人生产销售和批发、零售有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥免征增值税。这三种有机类肥料申请办理免税时，必须提供有效期内的肥料登记证、产品质量检测报告，异地销售的还要提供肥料登记备案证明。2008年12月10国家税务总局在《关于有机肥产品免征增值税问题的批复》（国税函[2008]1020号）中明确规定，享受免税政策的有机肥产品是指执行农业行业标准NY525的有机肥料、执行GB18877国家标准的有机-无机复混肥料和执行农业行业标准NY884的生物有机肥；其他不符合上述标准的产品，不属于财税〔2008〕56号文件规定的有机肥产品，应按照规定征收增值税。
化肥发票怎么开？化肥属于增值税征税范围，普通化肥一般纳税人按照9%税率征收增值税，普通化肥按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。特例是有机化肥，现在仍然享受增值税免税政策。
