增值税抵扣原理是每月计算出各类销售总的应纳销项税额，再计算本月累计各项可抵扣的进项税额，两者之差为本月应纳税额。而且税法只对纳税人适用不同税率或者征收率的，应当分别核算作出规定，并不要求进项税分别抵扣。因此，不用区分税率是否相同，可以合并一起进行抵扣。
可以用不同税率的进项税抵扣不同税率的销项。比如用11%的运输增值税发票抵扣销售货物17%的销项发票。当然也可以用17%的购进货物抵扣11%的运输劳务增值税发票。总而言之，凡是税务局认证过的发票或认可的扣税凭证都可以抵扣，不管税率是多少。当然得是可以抵扣的一般纳税人才行。
除了运输发票上所标运费的7%，发票上面标的其他费用不能抵扣如：装卸费、保管费等。还有一些发票可以用来抵扣，如直接在农户手中收购农产品的发票、海关开具的进口商品已缴增值税的票据等等。
政策依据：
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十一条规定，一般计税方法的应纳税额，是指当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式：
应纳税额=当期销项税额-当期进项税额
第二十二条规定，销项税额，是指纳税人发生应税行为按照销售额和增值税税率计算并收取的增值税额。销项税额计算公式：
销项税额=销售额×税率
第二十四条规定，进项税额，是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额。
第三十九条规定，纳税人兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产，适用不同税率或者征收率的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额;未分别核算的，从高适用税率会计学堂整理的。
案例：
税率是3%的公司收到增票的税率是17%要怎么抵扣?
1、一般纳税人企业，取得税率为17%的增值税专用发票，发票总金额是10000元。那么可以抵扣的增值税额=10000/(1+17%)*17%=1452.99元。
2、一般纳税人企业，取得税率为3%的增值税专用发票，发票总金额是10000元。那么可以抵扣的增值税额=10000/(1+3%)*3%=291.26元。
不同税率的增值税企业如何抵扣，各自抵扣是可以的，但不可以相互抵扣，这是没有道理的，先核算好各自的税率，如果不能核算，这从高税率为准。
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